Nguồn gốc của chó phú quốc hiện đang gây tranh cãi cả ở Việt Nam và trên thế giới. Nhiều nước tự nhận các giống chó xoáy của mình là tổ tiên của chó Phú Quốc. Tiêu biểu nhất là Thái Lan và Pháp , người Thái cho rằng giống chó Xoáy Phú Quốc bắt nguồn từ Xoáy Thái, được các ngư dân Thái Lan đưa đến đảo Phú Quốc từ nhiều thế kỷ trước, sau đó chúng giao phối với chó tại đảo và tạo ra giống chó Phú Quốc như ngày nay. Tuy nhiên, các nhà khoa học Việt Nam cho rằng điều này là phi lý bởi cách đây ít nhất 400 năm, các ngư dân Thái Lan với công nghệ thô sơ không thể vượt biển 500km để đến vùng biển Phú Quốc. Còn về người Pháo họ cho rằng vào thời Pháp thuộc, những chú chó xoáy của Pháp đã được đem đến đảo Phú Quốc rồi giao phối với chó bản địa, sinh ra những chú chó xoáy Phú Quốc ngày nay. Tuy nhiên điều này còn hư cấu hơn cả lập luận của người Thái, bởi Chó Phú Quốc xuất hiện cách đây ít nhất 400 năm, bằng chứng rõ ràng nhất là quân đội Chúa Nguyễn vào thế kỷ 17 đã sử dụng giống chó này làm quân khuyển để canh gác doanh trại. Trong khi đó, thời kỳ Pháp thuộc mới chỉ bắt đầu từ nửa cuối thế kỷ 19. Bây giờ cần phân tích ADN của giống chó cảnh này rồi đối chiếu với các giống chó khác trên thế giới mới có thể tìm ra được tổ tiên thực sự của giống chó quý hiếm này. Tuy nhiên phương án này hiện tại khó khả thi vì để phân tích ADN của một số lượng lớn chó Phú Quốc cần có kinh phí không nhỏ, trong khi nhà nước chưa hỗ trợ cho các đề tài này. Về hình thức, chó Phú Quốc Việt Nam và chó xoáy lưng Thái Lan có nhiều điểm giống nhau. Riêng chó xoáy Phi Châu có những khác biệt rõ hơn như khá lớn con (30 -39kg), tai lớn và cụp và do tính hung dữ, nó còn có biệt danh là chó săn sư tử Phi châu. Còn chó Phú Quốc còn có tính thân thiện với con người, rất thính, giữ nhà tốt, bắt chuột giỏi. Hai nhà khoa học Mỹ, Merle Wood và Merle Hidinger, cho rằng xoáy lưng từng chỉ có ở giống chó xoáy miền Đông Thái Lan và giống chó xoáy Châu Phi. Do đó, những cái xoáy lưng trên giống chó Phú Quốc hiện nay chắc chắn bắt nguồn từ giống chó Thái. Cách đây ít nhất 400 năm, những ngư dân Thái Lan đã vô tình trở thành các nhà tạo giống khi họ tới đánh bắt hoặc buôn bán ở vùng biển Phú Quốc. Tuy nhiên, ThS Nguyễn Văn Biện thuộc ĐH Cần Thơ đã phản biện lại giả thuyết trên. Ông nói, giả thuyết trên là vô lý vì cách đây 400 năm các ngư phủ Thái Lan không thể vượt 400-500 cây số để tới vùng biển Phú Quốc...
